在遙遠的未來，銀河的盡頭。人類正與異形的怪生命體展開生存之戰。在激戰中，少年兵萊德與其乘坐的人型機動兵器Chamber一起被吞入了不明的時空。被海洋包圍的地球此時以及是一片汪洋，地球上的人類們靠乘坐巨大的船只移動，同時不斷打撈這舊文明留在海底的物品生存。被船隊搭救的萊德登上了其中一艘大船Gargantia，而由于語言、文化、習慣等的不同，萊德對未知的環境感到非常困惑。但無可避免的他必須去學會如何與Gargantia上的人們共同生活，其中還包括少女艾米。于是。不同于戰斗的，充滿驚喜的翠星生活開始了！