看，聰明可愛的怪物精靈史酷比又回來了！
　　不過，這回他們卻怎么也酷不起來了，甚至他們在星球上的聲譽也將受到損壞。原來，頂呱城來了位蒙面惡棍，他用怪物機器把一群神秘怪獸全部釋放出來，像翼龍怪、黑刀鬼、刀鬼上尉和萬伏電魔等等。
　　大群怪獸的出現令整個城市惶惶不安，接連發生的恐怖襲擊使頂呱城陷入了一片恐慌之中。在新聞記者希瑟(艾麗西婭 西爾維斯通 飾)和市民的壓力下，成立了專門針對這群暴發怪物的調查小組，毫無疑問，又是沙吉(馬修 利拉德 飾)和史酷比(尼爾 凡寧 配音)擔當重任了。
　　沙吉和史酷比可不想讓人認為他們只會擺酷，為了證明自己天才的偵探能力，他們開始了追查一系列的怪獸線索。所有的線索，都指向一個“老男人”威克斯(彼得 伯耶爾 飾)，他就是釋放怪獸的蒙面惡棍，從前的黑刀鬼。他從監獄里逃了出來，率領著逃出的怪獸，開始了肆無忌憚的報仇……
　　與此同時，“神秘公司”的另外三位成員，也開始了他們的偵探冒險。智多星維爾瑪(琳達 伽的里尼 飾)，也對另一個關鍵嫌疑犯狠狠地打擊，他就是頂呱城犯罪學博物館館長帕特里(塞思 格林 飾)。男子氣概十足的弗雷德(小 弗雷迪 普林茲 飾)和對圖象敏感的達芙妮(莎拉 米雪兒 吉蘭 飾)，則通過分析蒙面惡棍的外貌，努力揭穿他的真實身份…… ...