12年前，東京發生了巨變。在通稱“地獄之門”的未知領域出現的同時，這個世界真正的星空消失了，取而代之的是虛假的星空。而這虛假星空上的每顆星星，都對應著一個被成為“契約者”的，有著特殊能力的人。然而相對的，他們也失去了人類的感情，并且每使用一次特殊能力，都要付出“契約代價”。 在“地獄之門”出現的同時，南美也出現了“天堂之門”，為此還爆發了“天堂戰爭”。之后伴隨著天堂之門的消失，數億條人命與大陸的一部分從地球上消失了。而黑，則是當年參加過“天堂戰爭”的一個傭兵。天堂之門消失后，他被組織送到東京進行間諜活動。后來他被卷入了契約者和人類的全面沖突中，掌握了人類與契約者存亡的關鍵。而他并沒有倒向人類和契約者任何一邊，而是選擇了雙方共存的未來。在引發了被人稱為“東京大爆炸”的事件之后，他與他的同伴——銀一起消失無蹤。 而兩年后，故事的舞臺轉到俄羅斯。帕夫柳琴科博士過去曾經是負責研究物質與時間、空間等扭曲的組織的一員，同時也是記憶操作機相關研究的第一人。而他有一對兒女，便是蘇芳和紫苑這一對雙胞胎。但是某一天，弟弟紫苑受到從天而降的流星核的影響而成為了契約者，代價則是從此要靠輪椅行走。而蘇芳本來也是過著和平安寧的生活，但是她卻不知道降臨到自己頭上的是怎樣殘酷的命摺ｋS著各國諜報機關人員的相繼登場，她的和平生活也就此消失……