恆星索爾的第一行星S-1曾有高度繁榮的文明，卻因放射能污染瀕臨滅亡。為了延續文明，提倡侵略其他星球再移民的軍部與提倡淨化本星的科學家團體陷入對立。軍部用計殺暗殺了皇帝，司令官加特拉自封"元首"，搭乘亞空間要塞開始移民之旅。
另一方面，首席科學家的兒子馬林·雷剛不僅被誣陷殺害皇帝，還遭喪父之痛。為了報仇，他搭乘亞空間戰鬥機"燃燒脈衝號"與亞空間要塞挑戰，結果與其一同被捲入時空風暴中，一起來到2100年的太陽系。
發現地球可以移居，軍部立即開始侵略。而被地球防衛隊Blue Fixer救出的馬林出於對地球的愛以及對加特拉的恨，駕駛著以燃燒脈衝號為基礎改造而成的機器人"巴爾迪歐斯"開始了他的戰鬥。等待著他的，卻是地球人的不理解與母星叛徒的罵名。
一次又一次的激戰後，地球表面遭受重創，太陽系結構也受到巨大改變。可怕的"時間悖論"開始浮現眼前……