故事發生在戰國時代。出生于普通忍者家庭的亂太郎 為不負父母的厚望成為精英忍者而進入學忍術學校。 在那里認識了富商的兒子新兵衛和戰爭中喪失父母的霧丸，并成為好友，組成了“三人組”。忍術學校的目的是培養“忍蛋”（即小忍者）。 在忍術學校里有教授不同學科，性格各異的老師 ，高年級的天才忍者，女忍者，還有忍犬嘿呣嘿呣，古怪的校長大川平次渦正，非常之熱鬧！ 亂太郎們三人組在上課和考試中常常失敗，并且總是在問為什么（很多問題常常不知所云），但他們仍堅持著并立志成為一流的出色忍者。忍術學校的校長的變幻無常，總是作出奇奇怪怪的決定，因而發生了許多有趣的故事，亂太郎等也常卷入各種各樣的事件。 小忍者們充滿正義感，面對任何困難都努力解決。《忍者亂太郎》每集各有一個故事，簡短、輕松、幽默，很有意思的一部作品。