:高中生偵探工藤新一。某一天在調查事件（“云霄飛車殺人事件”）途中，目睹兩個黑衣男子正在進行可疑交易。但沒有料到，另一名黑衣男子（琴酒）從后面接近并強灌毒藥――APTX4869，致使身體變小。為了不暴露身份和尋找黑衣男子，新一化名為“江戶川柯南”，寄住在青梅竹馬毛利蘭的家中，想借助蘭的父親毛利小五郎（偵探）來找尋黑衣男子。不料小五郎經常做一些“發育不良”的錯誤推理。作為偵探，新一實在看不下去，幫助小五郎破了許多案子，大叔得以名聲大震，成為“沉睡的小五郎”，并繼續追蹤黑暗組織及其成員。...