1945年，地球遭到“幻獣”的侵略，人類引以為榮的武器並不能派上用途……在持久戰下，芝村企業研製和開發的“士魂&rdquo ;終於為人類保存了自己的領土，並一直抵抗著怪物的攻擊……然而，世界已經破爛不堪了。
在某次的戰鬥中，ののみ的朋友在擔任咚蚉BE任務的時候遇襲，作戰失敗……由於PBE在空中爆炸，並沒能成功消滅BRAIN，任務就交由5121部隊完成。
在善行公佈了有關作戰細節後，隊員們並沒有顯露絲毫的緊張感，反而像平時那樣安靜地度過了晚上……天明，也是作戰開始的時候。幸好敵人的攻擊並不猛烈，在順利地突破防線後，速水與滝川將PBE射進BRAIN體內，並進行撤退。在時間無多的情況下，壬生屋更不幸被幻獣包圍。置命令於腦後的速水不顧一切地沖向壬生屋……就在千鈞一發的時候，速水將壬生屋退進凹位，而PBE也爆炸了……
待壬生屋醒來後，一架神秘士魂忽然出現在他們眼前……而同時，基地也收到了芝村舞的轉學通知。