疑犯居然有12個人！？高中生偵探工藤新一前所未有地與多個疑犯展開對決！！故事的主人公當然還是成為柯南之前的高中生偵探，工藤新一。在這次我們的特別篇里，新一將卷入兩起案件中。第一個案件是在距地面1萬米高空中發生的密室殺人案，一起發生在機艙里的完全犯罪和消失不見的兇器之謎，原作是柯南迷們熟知的“工藤新一所經歷的第一個案件”。到底兇手和原作里是一樣的嗎?請大家拭目以待。緊接著向著京都進發的兩人又遇到了新案子。他們去拜訪了服部平次和毛利小五郎出演電影的攝影所，但是在拍攝過程中卻發生了粉塵爆炸，導致拍攝不得不中止。然后，在后臺發現了上吊而死的女演員。當所有人都以為這是一起自殺案件的時候，新一卻推理出這是一起使用了密室手法的殺人案件！他和平次攜手挑戰惡意策劃這一切的真兇！！