人類與魔物之間的大規模戰爭「人魔戰爭」終結後數年。前任皇帝駕崩後，雖然帝國皇位持續空缺，但世界總體趨向和平——。人們依靠根源之力·艾亞路，建立起繁榮的社會。結晶化的艾亞路被稱作魔核，它作為魔導器的動力源，甚至能製造出對人們生活不可或缺的、保護城鎮不受任何威脅的結界。有一天，在距希佐塔尼亞鎮不遠的森林的深處。帝國騎士團奈連小隊下屬的新人騎士尤利·洛威爾、弗連·西佛、以及他們倆的前輩，雙胞胎姐妹騎士希蘇卡和夏絲提爾正在執行調查艾亞路的異常噴出，以及擊退因此而出現的魔物的任務。憧憬騎士團，滿懷壯志入團的尤利·洛威爾，重視紀律與正義的弗連·西佛，兩人是在帝都扎菲亞斯的平民區一起長大的青梅竹馬，時隔數年，在入團儀式上偶然得以重逢。騎士團的隊長雷文在深入調查異常變化的過程中，開始懷疑森林遺跡內存在未知的魔導器。而當他們正在進行探索之時，突然發生了影響希佐塔尼亞一帶的大規模異變……。尤利和弗連雖然作為騎士團員共同行動，但由於信念的差異而互相爭論。了解到帝國黑暗部分的兩人，將必須做出貫徹各自「正義」的覺悟……。