西歷2312年，天人和國連軍的最終決戰之后的4年。建立了地球聯邦政府的人類，為了更進一部整合國家和人類的意志而成立了獨立治安維持部隊“ARROWS”，實際上該組織的目的是借統一之名對反政府組織、主義、思想等的非人道主義的武力鎮壓，而以成為宇宙技術者為目標的沙慈也被卷進了聯邦政府的改革中。另一方面，在4年前的最終決戰中幸存下來的剎那·F·清英正凝視著這個曾由天人促進改革的世界，而映在眼簾的卻是ARROWS造出的漫溢著武力鎮壓的所謂“和平”，還有不斷被扭曲的現實。他決定再次戰斗，與足以改變世界的強大力量——高達。

第二季的故事背景設定在前作的4年后，成長了的剎那·F·清英駕駛新機體OO高達再次出現。究竟出現在新生的“天人”和剎那面前的新戰爭是……？