幕府末期的日本，受到外國列強瓜分的嚴重威脅，由一群昏庸無能的武士統治下的國家支離破碎，民不聊生，到處兵荒馬亂。
某日，在一個偏僻的村莊，一群強盜正在肆意搶奪，濫殺無辜。緋村劍心，原名緋村心太，當時只有5，6歲，但已經父母雙亡，當時他正在一群被拐賣者的隊伍中，同行者中還有幾位命吆退�一樣悲慘的姐姐，心太曾說過會盡全力保護她們，但是，弱小的當時能做到的只是眼睜睜的看著幾個姐姐被殘酷殺害，反而是她們臨死前哀求強盜放過心太，這殘酷的一幕在心太的心中留下難以抹平的傷痕。心太眼看也難逃一劫，忽然一道冰冷的劍光閃過，剎那間數命強盜已成劍下亡魂，心太面前出現一位衣著飄逸，威風凜凜的年輕劍客--飛天御劍流第15代傳人比古清十郎。第二天，當比古清十郎準備埋葬村民們的尸骨時，在墳墓里又遇見了昨天那個小孩，他正在掩埋親人的遺骸，面上并無淚水，只是堅強地說了一句話：“我要以劍救人”。比古清十郎將美酒澆在墳墓上，也只對心太說了一句：“你跟我走吧，心太這個名字太軟弱，以后你就叫劍心吧！”
就這樣，劍心跟隨這位世外高人苦學劍術，5年后，劍術已達登峰造極之境。
但他與師傅對以劍救世，以劍救人的信念的分歧日益明顯。師傅認為雖然自己身懷絕學，竟連身邊的弱者都保護不了，只能親手將他們埋葬，他認為憑個人力量不能挽救些什么，他對這個亂世已失去信心，想隱居不再過問世事。他知道劍心投身于亂世只會成為政客和野心家的殺人工具。而劍心作為熱血少年，一心要以劍保衛弱者，鏟除惡人，結束亂世。為正義而揮劍殺人是他當時的理想。兩人常在爭吵聲中度日，比古清十郎也想考驗一下劍心，因此并沒有將飛天御劍流的最終奧義--天翔龍閃傳授給他，（10年后還是教給他了）終于，劍心不辭而別，踏上了維新的嶄新人生旅途。