能解開被委托的事件的真相，蘭等人便會被炸彈炸成碎片。更令人吃驚的是，那名男子，居然知道柯南的真身就是工藤新一！
　　在神秘委托者的招待下，小五郎與柯南一行人來到了橫濱。一行人受邀來到一座巨大城堡，沒想到卻掉入黑影的神秘男子所設下的陷阱。小蘭、灰原與少年偵探團，也因此落入敵人手中成為人質。時間限制為12個小時，如果不在時間內解開男子所出的謎題，小蘭他們身上的炸彈就會爆炸。
　　“你能了解失去心愛的人，是什么樣的心情嗎？工藤”
　　這名男子居然知道柯南其實就是工藤新一？！這名男子的真正身份，難道是……
　　就在同時，“關西的高中生偵探”服部平次的兒時玩伴和葉也被抓走（因為手上有炸彈而受到威脅，并非抓走）成為了人質，白馬探也受到委托。這些偵探們將與柯南一同挑戰謎題。但是，當柯南他們正努力調查敵人的真面目之時，卻同時也面臨著一連串的危機。而眾人追查已久的怪盜基德，居然也在此刻現身！柯南、平次、基德以及小五郎與其它刑事們，將攜手挑戰這次的強敵。時間一分一秒地逼近著，當大家就要解開所有的謎題時，卻又出現了新的難題。柯南究竟會怎樣？