故事發生在天保14年的江戶。當時在老中·水野忠邦實施的財政緊縮政策之下的老百姓生活在極度困扃中。國內政府的壓迫，加上外國殖民者入侵的威脅，在江戶的大街小巷中彌漫著一種不安的氣氛。在不為世人所知的地下，存在著一個秘密的神社。這個神社表面上對外稱是對外國傳入的學術文化進行研究調查的「蠻社改所」，而實際上則是專門對付各國潛入日本的「妖夷」，并負責將他們秘密抹殺的政府隱蔽機關。該組織的頭目名為小笠原放三郎，是個醉心于“蘭學”，并極力證明其實用性的學者。然而卻不得不聽從南町奉行·鳥居耀藏的差遣。小笠原雖然沒有了得的身手，但卻與有著能將漢字中蘊藏的不可思議力量“漢神”誘導而出并具現化的高超能力的“妖奇士”龍導往壓等人承擔著暗中保護江戶的職責。