《學校怪談》基本上是以與校園有關的人物及場景為背景，由一個個短小精煉讓人惊栗的靈異故事所組成。不過它的涉及面遠遠超出了學校範圍，延展至日常，渲染出介乎真假之間、光怪陸離、恐怖獵奇的鬼魅世界。一天夜裡，值班人員發現已封閉的舊校舍亮著燈，在進去搜尋時燈突??然熄滅了，在回過頭的一瞬間，······
在到外公家的途中，早月看到了其父母都曾就讀的天川小學，雖然有新校舍，但殘破不堪的舊校捨卻給她留下了不好的印象。到達了外公家後，早月很不幸地被站在露台上的ハヅメ看到XX，二人就這樣初次認識了······
第二天要到新學校報到的路上，早月發現敬一郎帶著卡雅回校，但一不留神卡雅就從敬一郎的書包裡跑了出來，並迅速地溜進了舊校舍。為了找回卡雅，早月和敬一郎闖入了已封閉的舊校舍。
在舊校舍裡，早月和敬一郎被尾隨而來的青山和柿木嚇了一跳。被青山阻止的早月立刻與他們爭論起來，此時，門口出現了一個少女的身影······經過桃子的解釋後，青山和柿木很爽快地答應幫她找帽子，在早月的抱怨下眾人便一起出發了，但與此同時，門口也自動鎖起來了······
從在二宮金次郎石像頭上拿到桃子的帽子開始，奇遇就陸續有來---人面狗、廁所鬼魂花子、無頭騎士、手毛怪······眾人在驚慌失措下逃回門口，但卻發現門被鎖上······接著，天之邪鬼出現在眾人面前，並····· ·在吸收了恐懼後天之邪鬼對他們展開攻擊。逃到了校長室的他們發現了偎依在神山校長的照片上的卡雅，凝視著照片的早月無意中找到了暗藏的妖怪日記······
當他們離開時已經是下午放學了，完成封印後，以為鬆了口氣的早月卻再次聽到天之邪鬼的聲音，原來······