公元2199年。大和號從目的地伊斯坎達爾得到了“波動引擎”，離開大麥哲倫銀河，但是卻突然在大麥哲倫銀河外圍遭到神秘機動部隊的攻擊。

他們是白色彗星帝國的軍隊，指揮官是古塔巴遠征軍大都督“雷鳴的格蘭·達加木”，他要求艦隊交出大和號。大和號不想與他開戰，只想盡快趕回地球，但是他卻使用超越空間的神秘武器對大和號發動猛攻。神秘武器名叫“火焰直擊炮”，是白色彗星帝國自豪的新式武器。

大和號在千鈞一發避開了攻擊，但是卻迷失在溁疑�的異空間中。大和號鬼使神差地駛向了那個神秘的星球。為了收集情報，古代、桐生、澤村、新見和相原5個人都在星球上降落。來到地面后，他們發現了一艘不該出現在這里的“船”。

達加木追著大和號也進入了溁疑�的異空間中。這個星球是他們正在尋找的重要星球。達加木為了消滅大和號，把火焰直擊炮對準了星球的方向……