在神秘的南極冰層里，發掘出星際之門建造者遺棄的基地。星際之門亞特蘭蒂斯小隊應召執行一次冒險性最大的星際之門任務——前往遙遠的天馬星系。亞特蘭蒂斯小隊遭遇古代人類文明的襲擊...包括不斷威脅人類生命無處不在的新敵人——TheWraith.ElizabethWeir博士是亞特蘭蒂斯小隊的隊長，她是一個外交關系專家。她擁有出色的政治才能，但在軍事上喜歡虛張聲勢，在軍隊里面擔任少校之職。JohnSheppard是一個天資聰穎的駕駛員。陸軍少尉AidenFord擔任副駕駛員，他是一個年輕熱情的軍官。RodneyMcKay博士是一個聰明機智的天體物理學家，曾在星際之門司令部任職。飛船上還有一位朋友——Teyla，她是天馬星系人，Arhosian人年輕漂亮的領袖，與亞特蘭蒂斯小隊一起跟TheWraith戰斗。在新的一季中加入了許多新面孔，他們之中最引人注意的是RonanDex，一個為了捍衛自己的星球而與TheWraith抗爭7年的天馬星系人。還有地球最新型的銀河戰斗巡洋艦Daedalus--代達羅斯號的司令官，StevenCaldwell上校。