20世紀末，世界各地的天才少年組成了一個名為\"煉金之星\"的組織，其成員之一的\"高山我夢\"，作為\"XIG\"的一員，靠大地給予的\"紅光\"變身成\"蓋亞·奧特曼\"后，投入了同CRISIS計算機所預測到的\"根源性滅亡招來體\"進行的誓死決戰中；另一方面，已脫離\"煉金之星\"的\"藤宮博也\"堅定地認為：對于地球而言，人類才是真正的癌細胞。他憑著\"藍光\"的威力，變身成與\"蓋亞\"相對立的\"藍色奧特曼--阿古茹·奧特曼\"。 　　作為日本平成年度\"奧特曼\"三作品的\"壓軸戲\"，蓋亞·奧特曼其最大的變化在于\"蓋亞和阿古茹\"這二個敵對、且都為地球人出生的\"人類奧特曼\"的登場。當然，他倆的戰斗場面也屬前所未聞。同時，二人的對立觀點自始至終貫穿全劇，由此，該作品被設定為連續劇，而非各集獨立成章。