舞台是「公安9課」還不是最重要的先遣衝鋒部隊AD2027。在十分懂得權術、老稚钏愕墓�安捜査的荒卷面前出現是女性—— 隸屬於陸軍「501機關」的草薙素子三佐。擁有最高度的物理與電腦作戰技能的她，和荒卷比起來顯得不諳世事。不過這樣的她也和荒卷共同行動，解決了很多犯罪事件。但者同樣引起了??「501機關」的注意，尤其是作為上司以及保護者的女野心家久留津中佐產生了摩擦。與此同時，謎樣的病毒「Fire Starter」出現了，在各種疑難事件群起之中，「擁有不眠之眼的前特部隊隊員」、「已經成家的特捜刑事」等各種個性的人才匯聚到了草薙素子身邊。和荒卷有著共同目的的草薙素子投身到了建立「針對犯罪特設的精銳部隊」的計劃中…… 「攻殼機動隊ARISE」——這是草薙素子被稱為「少佐」之前的物語。