這個動劃所揭示的兩個主題。第一個便是關于人類社會中普遍存在「歷史」、「宗教」、「愛情」、「壽命」、「模樣」的「生存」的問題。而另一個則是，科學和文明的發達讓現代人直接的面對「環境」、「遺傳」、「無性繁殖」、「機器人和人的關系」等的新問題。

盡管「火鳥」是非常非常老的東西了，可是它對21世紀的我們來說也同樣敘述著「人類的生命究竟為何物」的故事。火鳥居住的山麓，火之國居住著的少年納吉，他重病的姐姐西娜庫被飄洋過海而來的藥師庫斯里所救，從而兩人相愛。就在兩人婚禮之夜，庫斯里突然離開婚宴去到海邊，迎接耶馬臺國的女王卑彌呼，以及由耶馬臺國將軍猿田彥帶領的艦隊。