恐龍寶貝之龍神勇士3動畫片講述了在古老而遙遠的泛古大陸，人類與恐龍和諧共處，大陸呈現一片祥和氣氛和色彩。但好景不長，隨著大陸的守護神----“龍神”的力量減弱，以瑞鷹為首的邪惡勢力打破了和平與寧靜。龍神為了拯救泛古大陸，早已將自己的力量封存在四塊龍晶體，傳說誰得到這四塊龍晶體，就能得到無尚的力量，統治整個泛古大陸。地球少年龍翔無意中碰觸爺爺的龍神手鐲，穿越時空，來到泛古大陸。龍翔目睹了邪惡勢力霸占森林、驅逐百姓的情景，邪惡的百合甚至用特定的藥物將善良的恐龍變為他們的爪牙。為了捍衛大陸和平，阻止邪惡勢力的意圖，龍翔擔負起了拯救泛古大陸的使命，必須搶在他們之前找到龍最新動畫晶體。只有集齊四塊龍晶體的力量，才能喚醒龍神，驅除邪惡。同時，龍翔也只有借助龍神的力量才能返回地球 。于是，正反雙方的龍晶體爭奪戰一觸即發……