工藤新一是天下有名的高中生窺伺，在一次追究黑衣人犯法團伙時不幸被團伙成員發現，擊暈后喂了神奇的藥水，工藤新一變回了小孩！新一找到了常常援助他的阿笠博士，博士為他度身打造不少特工火器。為了克制犯法團伙對他舉行抨擊，新一決意隱姓埋名，陰霾追究他們，欲看能得到解藥。一日，新一的女友毛利蘭離開了阿笠博士的家探究男友的著落，被小蘭撞見的新一情急之下假造了本身名叫江戶川柯南，隨后柯南寄居在了小蘭家。小蘭的父親毛利小五郎是一名私家窺伺，新一可以籍著跟他一同四出辦案一同追究黑夜人的著落。柯南在小學認識步美等小門生，他們一同構造了一個少年窺伺團，向罪犯宣戰！