納米神兵全集動畫講述的是一個一個普通男孩如何用自己的善良和熱忱感化了原本企圖侵略地球的外星族群，並帶領他們一同對抗其他邪惡的外星人，由此一步步成長為拯救地球和人類的英雄的故事。
在身為消防員的父親因公殉職後，11歲的地球男孩小光便和媽媽一同生活著。小光承襲了父親的強健體魄和救人於危難時的果敢與熱忱，非但沒有因為父親的離世而意志消沉，反而更堅定了他想要像爸爸那樣英勇救助他人的志向。平時喜好研究外星生物的他，一直夢想著有朝一日能夠成為比爸爸更偉大的英雄！而這個夢想似乎正在逐步化為現實，因為他在無意間捲入了一場兩個不同外星球爭奪對地球的掌控大戰之中。
在渺遠的銀河系中，存在著一個由各個智慧生命體所組成的最高組織——“宇宙聯邦議會”，它坐落於處在銀河系邊緣位置的五行星，主宰著全宇宙的命脈。居住在五行星上的人不僅擁有奇特的外貌，更擁有令人難以想像的高度文明和科技能力，他們能夠靈活地哂糜钪娴幕�本法則——“五行”原理，可以說是超級宇宙人。
作為在宇宙聯邦議會中擁有悠久歷史和巨大影響力的星球，五行星得到了宇宙聯邦議會下屬的“恆星發展指導審議會”的批准，通過了《加速開發被其他生物支配的星球》的議案。