公元2029年，未來世界是高科技與信息化的世界。人類生活水平的提高伴隨著犯罪活動的高科技化，于是，專門鎮壓高科技犯罪的特殊部隊——公安9課成立了。隊長草薙素子，作為一位全身“義體化”的女警，帶領公安9課不斷展開行動。是次，公安9課幫助公安6課秘密解決了一位程序員外逃他國的麻煩瑣事，又卷入傳說中的黑客“傀儡師”的犯罪事件。當行動陷入僵局之際，傀儡師竟然不請自來，出現在公安9課！素子與她的戰友們，不知不覺地被卷入了一場涉及政府的陰种�中。本作根據1995年動畫電影《GHOSTINTHESHELL》改編，系劇情不變、畫面完全重制的作品。