故事圍繞著日本列島展開。小笠原群島北部一個七十米高的小島一夜之間沉入海底。負責調查工作的深海潛水艇駕駛員小野寺俊夫潛入海底，在七千米深的日本海溝發現了大規模的異常現象。與此同時，日本列島上也發生了新干線工程被迫停工、高速公路大橋垮塌等事故，各地火山活動頻繁、地震不斷。為此，日本政府秘密召開了專家聽證會，會上發出了日本即將沉沒的警報。將信將疑的政府部門立即制定了應付緊急狀態的“D-1”計劃，展開了絕密調查。 　　隨著調查的深入以及“京都大地震”和“東京大地震”的發生，日本面臨沉沒的事實越來越明朗化，日本政府不得不在“D-1”計劃的基礎上制定了旨在拯救日本民族的“D-2”計劃。當日本沉沒的消息公開時，國際社會立即展開了救援活動，同時，打探日本沉沒后遠東局勢的情報活動也開始了。因為大規模的地殼變動，日本列島不僅有沉沒到海中的危險，還有可能多次發生8級以上大地震。在大地震中受災的小野寺和少女美咲，被救難隊員的阿部救出。最后的時刻終于來到了，巨大的海嘯沖入陸地，日本列島沉沒了。未來在哪里呢？新的生活該如何繼續下去呢？