2029年3月，日本首相慘遭暗殺，在這起戰后以來最為嚴重的事件中，草薙素子（坂本真綾配音）的前上司——陸軍501機關的機關長庫露茲（溡奥橛擅里棧┮膊恍矣鲭y。為了調查幕后真兇，素子迅速將巴特（松田健一郎配音）、陀古薩（新垣樽助配音）等人召集起來。“你們只是我的一部分零件而已，對于沒有用處的零件我會斷然剔除。”素子如是說道，這番話自然而然引起成員們的不滿。雖則如此，巴特等人的搜查還是取得了突破性的進展。在暗殺事件背后，隱隱約約隱藏著一個能夠左右義體開發進程的技術障礙“DeadEnd”及其相關的政治交易。而隨著調查的深入，一種能夠消除并篡改記憶的電腦病毒“FireStart”也浮出水面。不久后隊員們發現，這一連串神秘事件竟然都與素子誕生的秘密有關。誰是幕后真兇？“第三世界”是否存在？暗殺首相的真實目的是什么？前所未有的陷阱等在前方，素子不得已只身踏上只屬于自己的戰場。在離開前，她向六名隊員下達了最后的命令：“遵循你們自己的Ghost！”這句話改變了巴特等人的命撸�同時標志著傳奇戰隊——攻殼機動隊的誕生…...