突襲天下的大除夕劫難“第二次打擊”后，天下在廢墟之上重修。14歲的少年碇真嗣被父親碇元渡叫到第3新東京市。本認為能見到父親歡送的他，卻見到名為“使徒”的龐大除夕生物與步隊交火。危急之下，間諜構造NERV的葛成美里將真嗣救下，并將其帶往碇元渡所統領的NERV總部。但歡送真嗣的，倒是是父親淡漠地敕令：駕駛稱為“EVA”的龐大除夕人型機器人與使徒斗爭。本已表示拒盡的真嗣，看到重傷的替補駕駛員綾波麗后，決策遵從父親的敕令。就多么，從未受過作戰練習的真嗣，預備駕駛EVA初號機迎戰使徒。天下的福氣奉求在了一位年僅14歲的少年身上，而“第二次打擊”所潛伏的“人類補完打算”好像也匹面了措施。掌握統統答案的碇元渡，卻只是不動生色地不雅察，好像統統早已寫進腳本。...