清朝末年，朝政腐敗，列強欺凌，民不聊生。慈禧命李鴻章召集天下武林高手，到京城參加“獅王大會”，爭奪“中國獅王”的稱號，以顯示國威，同時挑起武林相殘以便控制武林。黃飛鴻和弟子梁寬陪同十三姨回到京城，與父親黃麒英商議開辦“寶芝林藥廠”事宜。他看到京城街頭各派武林高手連番械斗，連父親也被打傷，頓覺“獅王大會”會變成武林各派相互傾軋的場所。土豪趙天霸為獨霸一方，蓄昼P除異己，他拉攏出身人力車夫的“京城第一腳”鬼腳七為他效力。為不使事態擴大，黃飛鴻邀請武術界聯名上書，要求取消舉辦“獅王大會”，但遭到拒絕。趙天霸久聞黃飛鴻的威名，想重金招聘他合作奪取獅王稱號，黃飛鴻坦言拒絕。趙天霸使鬼腳七向黃飛鴻挑戰，黃飛鴻多次退讓，鬼腳七更顯得咄咄逼人。十三姨在京城遇到國外留學時的同學杜文秀。杜文秀現為俄國駐華使館的職員，對十三姨仍十分愛慕。再度相逢，他當眾吻了十三姨的手，使暗戀十三姨的黃飛鴻十分不快。梁寬為挽回“寶芝林”的威名，故意找鬼腳七的麻煩。兩人爭斗，鬼腳七的腳被折斷。鬼腳七傷后被趙天霸遺棄，流落街頭。黃氏父子收留了他，為他治傷，鬼腳七十分感激，遂拜黃飛鴻為師。“獅王大會”舉行在即，趙天霸在三笑樓設下陷阱，欲置黃飛鴻于死地。黃飛鴻憑其高超武藝，在父親和梁寬的接應下，脫出困境。黃飛鴻不再袖手旁觀，下決心阻止趙天霸奪取“獅王”美譽。與此同時，英法等國大使正密衷凇蔼{王大會”上刺殺李鴻章，計劃行動由杜文秀執行。陰譄o意中被十三姨識破。杜文秀正要動手，被早已有準備的黃飛鴻一舉粉碎。事情敗露，杜文秀被暗槍打死滅口。“獅王”爭奪開始。梁寬因傷不能出戰，鬼腳七毛遂自薦和黃飛鴻聯袂出獅，力戰群雄，一路過關斬將，最后打敗趙天霸，奪得“中國獅王”的稱號。黃飛鴻把“獅王”金牌交還李鴻章，指著滿目瘡痍的會場，說治國的方略不在這里。
徐克導演的前兩集《黃飛鴻》都將故事背景放在嶺南的廣東，第三集卻移師北京，并且以大場面的舞獅來賦予這個系列電影新的面貌。不過在主題上仍然緊抓住滿清國力衰弱，而中國人卻仍不停內斗的時代感嘆。劇情描述慈禧太后為對付船堅炮利的洋人，鼓勵民間習武。總理大臣李鴻章乃下令舉行“獅王大會‘，召集大江南北的武林人士齊集京城爭取中國獅王的美譽。然而大會尚未正式舉行，各門各派的武館已暗地里招兵買馬，內斗不斷。黃飛鴻眼見狀況不妙，乃聯合其他武林人士聯名要求取消獅王大會，但不得要領。黃飛鴻無奈之下，只好親自出馬參賽，以圖阻止更大的悲劇發生。壓軸的各式舞獅設計多彩多姿，場面相當熱鬧可觀。