狼之子雨與雪故事將講述有著不可思議的像童話一般的戀情的女性——花，撫養狼的孩子，一對姐弟——雨與雪，充滿親情的母子故事。主人公“花”是個普通的大學生，她與狼人相愛后生下了一對姐弟，取名“雨”和“雪”，一家四口在城市中 狼之子雨與雪過著平靜溫馨的生活。然而某日，狼人突然去世，花決定帶著兩個孩子搬去鄉村……根據細田守的說法，三月發生的海嘯也讓他重新開始思考親子之間的羈絆，他希望能通過本片塑造出“理想中的母親形象”。孤身一人在這個世上行走的女大學生花（宮崎葵 配音），在與命中注定的那個人（大澤隆夫 配音）相識未久后便墜入愛河。不久后她得知，男友的真實身份竟然是一個狼人，可即便如此，花對戀人的情感也絲毫不曾動搖。二人相依相守，共同孕育出愛情的結晶，分別是在飄雪的日子里出生的女兒小雪，和在雨天來到人間的男孩小雨。雪活潑好動，對周遭世界充滿好奇，雨則怯懦膽小，警覺纖弱，他們繼承了父親的狼人體質，可以隨心所欲化身為狼。花和家人們嚴守著這個秘密，在喧囂都市的一隅靜悄悄地過著幸福的生活。直到某天，噩耗突然降臨。父親被死神奪去生命，悲痛欲絕的花暗下決心，無論將來孩子們選擇何種身份（人或狼），也要好好撫養他們長大。為此，她帶著孩子遠離繁華卻令人窒息的大都會，搬到景色秀麗、充滿大自然氣息的鄉下居住。在當地的深山密林腹地，花選中了一棟有著上百年歷史的古舊民房，雪馬上便喜歡上了這個新家，而羞澀的雨則遲遲不能適應。可喜的是，人跡罕至的山林賦予孩子們極大的自由，姐弟倆在布滿積雪的山中恣意奔跑，隨意變換著人與狼的身姿，體會著前所未有的快樂。他們的媽媽一邊注視著孩子躍動的身姿，一邊用心修葺他們的新家。經過一番努力，了無生氣的舊民房重新煥發生機，母子三人的新生活就此展開。但是生活的現狀不得不令花眉頭緊蹙。丈夫當初所留下的存款越來越少，為了節約開支，花嘗試著自給自足。她從圖書館借來園藝農耕方面的書籍，學習農作。可是任憑她如何努力，秧苗還是一次次枯萎。為此，她向居住在村中的老爺爺韭崎（菅原文太 飾）求教。以此為契機，村民們開始頻繁造訪花的家，莊稼也在韭崎爺爺的指導與呵護下茁壯成長。原本為了避人耳目搬入深山的母子三人，不知不覺得到了村民們無微不至的關照，花的心中涌起點點感激之情……