神秘武裝集團搶走了國立微生物研究所研製的可怕病毒。時候，經常攻擊大財團的恐怖分子組織"紅色暹羅貓"發表申明，宣稱為此負責，而他們正醞釀著進一步的行動。鈴木財團顧問鈴木次郎吉造出了世界最大的飛空艇"鈴木1世號"。次郎吉一直將怪盜基德視為勁敵，這艘飛空艇正是為了設計抓住這位天才大盜而製造的。次郎吉向基德發出挑戰，誘他從東京飛往大阪的"鈴木1世號"盜走價值連城的珠寶"天空貴婦"。而基德也接受了挑戰，預告自己會在飛空艇到達大阪上空時動手。這場以天空為舞台的大對決引來了無數人的關注。七天后，"鈴木1世號"如期起??飛。心心念念要逮住基德的中森警官、受邀的毛利小五郎、蘭、柯南等少年偵探團成員，以及為了搶新聞的記者都來到了飛空艇上。距離到達大阪上空還有六小時行程。突然，一架大型直升飛機靠近飛空艇。武裝集團"紅暹羅貓"閃電般地劫艇成功。他們在艇內按上了一系列炸彈，還散佈了偷到手不久的病毒。一旦飛空艇爆炸，所有乘客都會喪命，然而如果飛空艇達到目的地在大阪上空釋放病毒，那麼關西地區一千萬人的生命都會受到威脅。飛空艇上的乘客接踵感染。柯南在艇中四處探查，與少年偵探團協作，逐一拆除了炸彈，他準備向恐怖分子展開反擊。蘭偶然發現基德就在飛艇之內。她開始懷疑基德其實就是新一，難道新一忙著查案是假，其實是在作飛天大盜偷東西麼？ ！煩惱不已的蘭也感染了病毒。在炸彈與細菌武器的雙重威脅之下，柯南既要與兇殘的恐怖分子周旋又要設法從基德手中保住珍寶。面對前所未有的大危機，戰無不勝的柯南能發現真相、化險為夷麼？