《少女愛上姐姐》動畫全集講述于出世名門，面龐嬌好，禮儀規矩，文武雙全，成績優秀一起還精通護身武術，卻從不因此而驕傲自大，相反的還有著通常男生無法混為一談的溫柔體貼。略微引導一下就可以進入正軌，但也正由于如此所以較為缺少主意。本作的主角，即是這么一個集萬千優點于一身卻也并不完美的可愛男生——鏑木瑞穗在名門校園過著原封不動的應試日子的瑞穗，卻由于祖父不行理解的遺言而迎來了無窮的轉機。不過在旁人看來，與其說這是轉機，到不如說這是出人意料的天災更適宜……不久之前逝世的鏑木家的家主，瑞穗的祖父留下了這么的遺言，要瑞穗轉入某所女子校園，并且還必須要住進學生宿舍。盡管這么的遺言顯得有些不可思議，但由于是自己一向敬愛著的祖父最終的愿望，又加上兩小無猜的瑪利亞的慫恿，瑞穗總算在萬般無奈的心境下轉入了女子校園...