100年前，沙漠之都——迪塞爾市因為寶可夢之間的戰斗而遭受嚴重破壞。那場戰斗的起因是由于一只精靈寶可夢的存在。
但是，這只精靈寶可夢后來被某人封印了，現在的城市也找回了曾經的平靜……
在小智與皮卡丘一行人的旅途中，他們遇到了持有可以召喚萬事萬物的光輪的幻之精靈寶可夢胡帕，以及照顧它的少女麥雅麗。喜歡惡作劇的胡帕用那個不可思議的圓環取出最喜歡的甜甜圈以及各種東西讓大家大吃一驚，并且樂在其中。
天真無邪的胡帕稱呼小智和皮卡丘為“小~智智”和“皮~卡卡”。完全成為好友的胡帕與小智一行人一起踏上旅途。
一到迪塞爾市，眾人就遇到了麥雅麗的哥哥巴爾扎，但是巴爾扎的樣子卻很奇怪。仔細一看，發現他手中握有封印了曾經破壞城市的某只精靈寶可夢的道具監獄之瓶！
一股邪惡的氣息從瓶中溢出，成為一個巨大的影子。影子逐漸展現的真身，那便是胡帕原本“被分離的姿態”——“超胡帕”！
無論如何也想不到，100年前發生暴動的寶可夢的元兇正是超胡帕。
瓶中封印的是胡帕原本的力量，那個強大的力量在漫長的歲月里，逐漸變為“憤怒”，最終凝結成為黑影以超胡帕的形態復蘇！
被解放的超胡帕開始暴走，從6個圓環里召集傳說中精靈寶可夢：原始古拉頓、原始蓋歐卡、迪奧魯加、帕魯基亞、基拉帝納還有丘雷姆！
再這樣下去，城市危在旦夕……
胡帕為了守護城市，用圓環“邀請”新的傳說中的精靈寶可夢！
名副其實的【傳說vs傳說】！
這場戰斗使得大地開裂、大海分離、空間也變得扭曲！
小智一行人與胡帕“邀請”來的傳說精靈寶可夢一同作戰，他們能夠守護這個迪塞爾市嗎！？
還有，胡帕與超胡帕的戰斗將如何收場！？
精靈寶可夢電影史上最壯烈的對決將在此展開！